Essa é uma das fases mais importantes na vida do aluno, na qual são tomadas decisões que irão impactar significativamente seu futuro, como a escolha da carreira. Nesse nível de ensino, o Colégio Positivo intensifica o grau de exigência e de preparação, para que o aluno conquiste vagas nas melhores universidades e faculdades do país, além de formar o estudante como cidadão autônomo, responsável e ético. O Ensino Médio é oferecido no Colégio Positivo – Jardim Ambiental e no Colégio Positivo – Ângelo Sampaio.